Serviceeinheit CRISPR screening

Die Serviceeinrichtung hält verschiedene sgRNA libraries bereit, die das gesamte Genom umfassen. Maßgeschneiderte und fokussierte libraries können aber ebenfalls synthetisiert und validiert werden. Das primäre Screening Format der Serviceeinheit ist das Pooled Screening mit Zellviabilität als Readout, es sind aber auch andere Formate und Screen Assays möglich (z.B. Biomarker Readout mit FACS).

Pooled Screening bedeutet, dass genetische Veränderungen (z.B. knock-out) aller Gene des Genoms gleichzeitig in grossen Zellkulturgefäßen erzeugt werden - ein Edit pro Zelle. Die Screening Infrastruktur wird mit Hilfe von Lentivirus in die Zellen geschleust. Da Evaluierung und Optimierung des Screen Assays Grundvoraussetzung für einen erfolgreichen Screen ist, bietet die CRISPR Serviceeinheit Hilfe bei den folgenden Schritten: Optimierung der Lentivirus Transduktion (<1 Virus pro Zelle), Optimierung der Resistenzmarker für die erfolgreiche Selektion von transduzierten Zellen, sowie Optimierung des Screen Assays (z.B. Behandlung von Zellen mit Inhibitoren).

Für die Analyse eines Pooled CRISPR Screens wird die Frequenz des sgRNA-Barcodes (als Proxy für die Häufigkeit des Genotyps) am Ende des Screens mit Hilfe von Next Generation Sequencing gemessen. Die Einrichtung hält Protokolle für NGS bereit und unterstützt bei der Datenanalyse mit Hilfe publizierter Methoden.