Leistungen
Serviceeinheit Proteomik
Quantitative Proteomik
- Tandem Mass Tag (TMT)-Quantifizierungsstrategie gekoppelt mit Hoch-PH-Peptidfraktionierung für maximale Analysegenauigkeit.
- Interaktionsproteomik durch markierungsfreie Quantifizierung und datenabhängige Akquisition (DDA)
- Markierungsfreie datenabhängige Akquisition (DIA) zur Proteinquantifizierung für große Probenkohorten
Probenaufbereitung
- Proteinverdau mittels diversen Proteasen (Trypsin, Lys-C, Glu-C, Asp-N etc.) und Verfahren (in Lösung, FASP, in Gel)
- Reinigung, Entsalzung, Fraktionierung und Konzentrierung mittels StageTips (C18, SAX, SCX, SDB-RPS, SDB-XC)
- Off-line Vorfraktionierung mittels HPLC
- Gelelektrophorese, Färbung und Imaging (Gel Doc EZ Imager)
- TMT-Etikettierung
- SP3-Probenvorbereitung für detergenzienhaltige Proben
Massenspektrometrie
Orbitrap Fusion Lumos Tribrid ETD mit EASY 1200 UPLC und FAIMS Pro Oberfläche
Orbitrap Fusion Tribrid ETD mit EASY 1000 UPLC
Q Exactive HF mit EASY 1000 UPLC
timsTOF Pro 2 mit Evosep One
Software
- MaxQuant (quantitatives Proteomik-Software-Paket)
- Spectronaut
- Proteome Discoverer
- Perseus framework
- Statistical environment R
- IPA Analysis Match Explore suite