Serviceeinheit Proteomik

Das Ziel der Serviceeinheit Proteomik ist es, eine analytische Plattform bereitzustellen und dabei die  Forschungsinteressen der Nutzer im Fokus zu haben. Die Serviceeinheit bietet ein hochmodernes Massenspektrometrie-Labor, welches mit erstklassigen Geräten ausgestattet ist und durch Fachwissen ergänzt wird, das von Probenvorbereitung über Massenspektrometrie (MS) bis hin zur computergestützten Proteomik reicht. Da dieses hochkomplexe Prozesse sind, liegt der Schwerpunkt der Mitarbeitenden auf der Geräteausstattung und entsprechenden Methodik. Um den wissenschaftlichen Anwendern die Technologie näher zu bringen, legen wir jedoch auch Wert auf Schulung, Beratung und Diskussion in jeder Phase eines Projekts. Besonderes Augenmerk wird auf die Qualität des Service, schnelle Reaktionszeiten auf die Wünsche der Nutzer und die vollständige Verzahnung der Serviceeinheit mit den wissenschaftlichen Zielen des Instituts gelegt.

  • Tandem Mass Tag (TMT)-Quantifizierungsstrategie gekoppelt mit Hoch-PH-Peptidfraktionierung für maximale Analysegenauigkeit.
  • Interaktionsproteomik durch markierungsfreie Quantifizierung und datenabhängige Akquisition (DDA)
  • Markierungsfreie datenabhängige Akquisition (DIA) zur Proteinquantifizierung für große Probenkohorten
  • Proteinverdau mittels diversen Proteasen (Trypsin, Lys-C, Glu-C, Asp-N etc.) und Verfahren (in Lösung, FASP, in Gel)
  • Reinigung, Entsalzung, Fraktionierung und Konzentrierung mittels StageTips (C18, SAX, SCX, SDB-RPS, SDB-XC)
  • Off-line Vorfraktionierung mittels HPLC
  • Gelelektrophorese, Färbung und Imaging (Gel Doc EZ Imager)
  • TMT-Etikettierung
  • SP3-Probenvorbereitung für detergenzienhaltige Proben

Orbitrap Fusion Lumos Tribrid ETD mit EASY 1200 UPLC und FAIMS Pro Oberfläche

 

Orbitrap Fusion Tribrid ETD mit EASY 1000 UPLC

Q Exactive HF mit EASY 1000 UPLC

  • MaxQuant (quantitatives Proteomik-Software-Paket)
  • Spectronaut
  • Proteome Discoverer
  • Perseus framework
  • Statistical environment R
  • IPA Analysis Match Explore suite

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