Publications

Geissen, S.; Hof, A.; Santhamma Philip, E.; Wagner, E.; Schreiber, C.; Singgih, K.; Narayan, S.; Nemade, H.; Hohendorff, L. M.; Roever, N. A. et al.; Schelemei, P.; Holthaus, M.; Paunel-Görgülü, A.; Mollenhauer, M.; Winkels, H.; Gerdes, N.; Folz-Donahue, K.; Schumacher, A. L.; Kukat, C.; Baldus, S.; Zatsepin, T.; Hoyer, F. F.: Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages’ Response to Ischemia. Circulation Research (2025)

De Solis, A. J.; Del Río-Martín, A.; Radermacher, J.; Chen, W.; Steuernagel, L.; Bauder, C. A.; Eggersmann, F. R.; Morgan, D. A.; Cremer, A.-L.; Sué, M. et al.; Germer, M.; Kukat, C.; Vollmar, S.; Backes, H.; Rahmouni, K.; Kloppenburg, P.; Brüning, J. C.: Reciprocal activity of AgRP and POMC neurons governs coordinated control of feeding and metabolism. Nature Metabolism (2024)

Titze, V. M.; Caixeiro, S.; Dinh, V. S.; König, M.; Rübsam, M.; Pathak, N.; Schumacher, A. L.; Germer, M.; Kukat, C.; Niessen, C. M. et al.; Schubert, M.; Gather, M. C.: Hyperspectral confocal imaging for high-throughput readout and analysis of bio-integrated microlasers. Nature Protocols (2024)

Vossen, C.; Schmidt, P.; Wunderlich, C. M.; Mittenbühler, M. J.; Tapken, C.; Wienand, P.; Mirabella, P. N.; Cabot, L.; Schumacher, A. L.; Folz-Donahue, K. et al.; Kukat, C.; Voigt, I.; Brüning, J. C.; Fenselau, H.; Wunderlich, F. T.: An Approach to Intersectionally Target Mature Enteroendocrine Cells in the Small Intestine of Mice. Cells 13, p. 102 (2024)

Nikopoulou, C.; Kleinenkuhnen, N.; Parekh, S.; Sandoval, T.; Ziegenhain, C.; Schneider, F.; Giavalisco, P.; Folz-Donahue, K.; Vesting, A. J.; Kirchner, M. et al.; Bozukova, M.; Vossen, C.; Altmüller, J.; Wunderlich, F. T.; Sandberg, R.; Kondylis, V.; Tresch, A.; Tessarz, P.: Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver. Nature Aging (2023)

Belkina, A. C.; Roe, C. E.; Tang, V. A.; Back, J. B.; Bispo, C.; Conway, A.; Chakraborty, U.; Daniels, K. T.; de la Cruz, G.; Ferrer‐Font, L. et al.; Filby, A.; Gravano, D. M.; Gregory, M. D.; Hall, C.; Kukat, C.; Mozes, A.; Ordoñez‐Rueda, D.; Orlowski‐Oliver, E.; Pesce, I.; Porat, Z.; Poulton, N. J.; Reifel, K. M.; Rieger, A. M.; Sheridan, R. T. C.; Van Isterdael, G.; Walker, R. V.: Guidelines for establishing a cytometry laboratory. Cytometry Part A (2023)

Kukat, C.; Neumann, E.; Fava, E.; Fried, H.: A novel room concept for shared resource laboratories. Cytometry Part A (2023)

Tschernoster, N.; Erger, F.; Kohl, S.; Reusch, B.; Wenzel, A.; Walsh, S.; Thiele, H.; Becker, C.; Franitza, M.; Bartram, M. P. et al.; Kömhoff, M.; Schumacher, A. L.; Kukat, C.; Borodina, T.; Quedenau, C.; Nürnberg, P.; Rinschen, M. M.; Driller, J. H.; Pedersen, B. P.; Schlingmann, K. P.; Hüttel, B.; Bockenhauer, D.; Beck, B.; Altmüller, J.: Long-read sequencing identifies a common transposition haplotype predisposing for CLCNKB deletions. Genome Medicine 15, 62 (2023)

Gaudreault, N.; Ali, R.; Avilov, S. V.; Bagley, S.; Bammann, R. R.; Barachati, F.; Barna, L.; Berno, V.; Bertocchi, C.; Boczonadi, V. et al.; Boehm, U.; Bosch, M.; Brideau, C.; Carvalho, N.; Chatterjee, N.; Colarusso, P.; Cole, R.; Darwish-Miranda, N.; Dervish, S.; Dietzel, R.; Duwé, S.; Eismann, F.; Faklaris, O.; Felscher, A.; Ferdous, Z.; Guilbert, T.; Gonnert, M.; Grunwald, D.; Hoffmann, B.; Kirchner, M.; Krens, G.; Laude, A. J.; LeDue, J. M.; Liu, P.; Lorentz, P.; Martins, G. G.; Mezzana Robinson, V.; Mitovski, M.; Nelson, M. S.; Nitschke, R.; Payne-Dwyer, A. L.; Pimente Cabrera, J. A.; Podder, S.; Schroth-Diez, B.; Schwartz, S.; Srinivasan, S.; Theunauer, R.; van der Oord, K.; Taatjes, D. J.; van Oostende-Triplet, C.; Wee, T.-L.; Weiss, K. R.; Gelman, L.: lllumination Power, Stability, and Linearity Measurements for Confocal and Widefield Microscopes V.2. protocols.io (2023)

Rivera Mejias, P.; Narbona-Pérez, Á. J.; Hasberg, L.; Kroczek, L.; Bahat, A.; Lawo, S.; Folz-Donahue, K.; Schumacher, A. L.; Ahola, S.; Mayer, F. C. et al.; Giavalisco, P.; Nolte, H.; Lavandero, S.; Langer, T.: The mitochondrial protease OMA1 acts as a metabolic safeguard upon nuclear DNA damage. Cell Reports 42, 112332, p. 112332 (2023)

Pouikli, A.; Maleszewska, M.; Parekh, S.; Yang, M.; Nikopoulou, C.; Bonfiglio, J. J.; Mylonas, C.; Sandoval, T.; Schumacher, A. L.; Hinze, Y. et al.; Matić, I.; Frezza, C.; Tessarz, P.: Hypoxia promotes osteogenesis by facilitating acetyl-CoA-mediated mitochondrial-nuclear communication. EMBO J, p. e111239 (2022)

Vesting, A. J.; Jais, A.; Klemm, P.; Steuernagel, L.; Wienand, P.; Fog-Tonnesen, M.; Hvid, H.; Schumacher, A. L.; Kukat, C.; Nolte, H. et al.; Georgomanolis, T.; Altmuller, J.; Pasparakis, M.; Schmidt, A.; Kruger, M.; Supprian, M. S.; Waisman, A.; Straub, B. K.; Raschzok, N.; Bernier, M.; Birkenfeld, A. L.; Hovelmeyer, N.; Bruning, J. C.; Wunderlich, F. T.: NIK/MAP3K14 in hepatocytes orchestrates NASH to hepatocellular carcinoma progression via JAK2/STAT5 inhibition. Mol Metab, p. 101626 (2022)

Nelson, G.; Alexopoulus, I.; Azevedo, M.; Barachati, F.; Belavaev, Y.; Carvalho, M. T.; Cesbron, Y.; Dauphin, A.; Corbett, A. D.; Dobbie, I.M. et al.; Gelman, L.; Halidi, N.; Hao, X.; Hartmann, H.; Heintzmann, R.; Hemmerich, R.; Kirchner, M.; Lacoste, J.; Liu, P.; Plantard, L.; Mitchell, C. A.; Müller, T.; van der Oord, K.; Payne-Dwyer, A.; Podder, S.; Rezgui, R.; Ritz, R.; Schwartz, S.; Shaw, M.J.; Wee, T.-L.; Nitschke, R.; Faklaris, O.: Monitoring the point spread function for quality control of confocal microscopes. protocols.io (2022)

Tschernoster, N.; Erger, F.; Walsh, P. R.; McNicholas, B.; Fistrek, M.; Habbig, S.; Schumacher, A. L.; Folz-Donahue, K.; Kukat, C.; Toliat, M. R. et al.; Becker, C.; Thiele, H.; Kavanagh, D.; Nuernberg, P.; Beck, B.; Altmuller, J.: None fits all: Unraveling structural rearrangements of the CFH gene cluster in aHUS patients using molecular combing and long fragment targeted sequencing. J Mol Diagn (2022)

Sun, H.; Jiao, W. B.; Krause, K.; Campoy, J. A.; Goel, M.; Folz-Donahue, K.; Kukat, C.; Huettel, B.; Schneeberger, K.: Chromosome-scale and haplotype-resolved genome assembly of a tetraploid potato cultivar. Nat Genet 54 (3), pp. 342 - 348 (2022)

Gehling, K.; Parekh, S.; Schneider, F.; Kirchner, M.; Kondylis, V.; Nikopoulou, C.; Tessarz, P.: RNA-sequencing of single cholangiocyte-derived organoids reveals high organoid-to organoid variability. Life Sci Alliance 5 (12), p. e202101340 (2022)

Sun, H.; Jiao, W.-B.; Krause, K.; Campoy, J. A.; Goel, M.; Folz-Donahue, K.; Kukat, C.; Huettel, B.; Schneeberger, K.: Chromosome-scale and haplotype-resolved genome assembly of a tetraploid potato cultivar. Nature Genetics, p. 2021.05.15.444292 (2022)

Tschernoster, N.; Erger, F.; Walsh, P. R.; McNicholas, B.; Fistrek, M.; Habbig, S.; Schumacher, A. L.; Folz-Donahue, K.; Kukat, C.; Toliat, M. R. et al.; Becker, C.; Thiele, H.; Kavanagh, D.; Nürnberg, P.; Beck, B. B.; Altmüller, J.: Unraveling Structural Rearrangements of the CFH Gene Cluster in Atypical Hemolytic Uremic Syndrome Patients Using Molecular Combing and Long-Fragment Targeted Sequencing. The Journal of Molecular Diagnostics 24, pp. 619 - 631 (2022)

Vesting, A. J.; Jais, A.; Klemm, P.; Steuernagel, L.; Wienand, P.; Fog-Tonnesen, M.; Hvid, H.; Schumacher, A. L.; Kukat, C.; Nolte, H. et al.; Georgomanolis, T.; Altmüller, J.; Pasparakis, M.; Schmidt, A.; Krüger, M.; Supprian, M. S.; Waisman, A.; Straub, B. K.; Raschzok, N.; Bernier, M.; Birkenfeld, A. L.; Hövelmeyer, N.; Brüning, J. C.; Wunderlich, F. T.: NIK/MAP3K14 in hepatocytes orchestrates NASH to hepatocellular carcinoma progression via JAK2/STAT5 inhibition. Molecular Metabolism 66, 101626, p. 101626 (2022)

Nelson, G.; Boehm, U.; Bagley, S.; Bajcsy, P.; Bischof, J.; Brown, C. M.; Dauphin, A.; Dobbie, I. M.; Eriksson, J. E.; Faklaris, O. et al.; Fernandez-Rodriguez, J.; Ferrand, A.; Gelman, L.; Gheisari, A.; Hartmann, H.; Kukat, C.; Laude, A.; Mitkovski, M.; Munck, S.; North, A. J.; Rasse, T. M.; Resch-Genger, U.; Schuetz, L. C.; Seitz, A.; Strambio-De-Castillia, C.; Swedlow, J. R.; Alexopoulos, I.; Aumayr, K.; Avilov, S.; Bakker, G. J.; Bammann, R. R.; Bassi, A.; Beckert, H.; Beer, S.; Belyaev, Y.; Bierwagen, J.; Birngruber, K. A.; Bosch, M.; Breitlow, J.; Cameron, L. A.; Chalfoun, J.; Chambers, J. J.; Chen, C. L.; Conde-Sousa, E.; Corbett, A. D.; Cordelieres, F. P.; Nery, E. D.; Dietzel, R.; Eismann, F.; Fazeli, E.; Felscher, A.; Fried, H.; Gaudreault, N.; Goh, W. I.; Guilbert, T.; Hadleigh, R.; Hemmerich, P.; Holst, G. A.; Itano, M. S.; Jaffe, C. B.; Jambor, H. K.; Jarvis, S. C.; Keppler, A.; Kirchenbuechler, D.; Kirchner, M.; Kobayashi, N.; Krens, G.; Kunis, S.; Lacoste, J.; Marcello, M.; Martins, G. G.; Metcalf, D. J.; Mitchell, C. A.; Moore, J.; Mueller, T.; Nelson, M. S.; Ogg, S.; Onami, S.; Palmer, A. L.; Paul-Gilloteaux, P.; Pimentel, J. A.; Plantard, L.; Podder, S.; Rexhepaj, E.; Royon, A.; Saari, M. A.; Schapman, D.; Schoonderwoert, V.; Schroth-Diez, B.; Schwartz, S.; Shaw, M.; Spitaler, M.; Stoeckl, M. T.; Sudar, D.; Teillon, J.; Terjung, S.; Thuenauer, R.; Wilms, C. D.; Wright, G. D.; Nitschke, R.: QUAREP-LiMi: A community-driven initiative to establish guidelines for quality assessment and reproducibility for instruments and images in light microscopy. J Microsc 1 (284), pp. 56 - 73 (2021)